2개 이상의 사업연도와 관련한 잘못이 있는 경우에는 중복세무조사가 가능하다는 대법원의 판결이 나왔다.

대법원은 최근 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 등의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우 중복세무조사가 가능하다고 판결했다. 

원고인 A사의 이사회는 2005년 11월 '당기순이익이 발생하는 경우 주주로서 이사인 B에게 백화점 등 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급하되, 그 지급시기 및 금액은 이사회에서 정한다'고 결의했다. 

이후 A사는 2006년과 2007년 당기순이익이 발생하자 해당 연도별 주주총회 및 이사회 결의를 거쳐 백화점 등 임대수입의 10% 내에서 B와 다른 주주들에게 각 주식보유비율에 따라 성과상여금을 지급했다.

과세당국은 2003~2007 사업연도에 대한 1차 조사에서는 B에 대한 성과상여금 등을 문제 삼지 않다가, 이후 2006, 2007 사업연도 등에 대한 2차 조사를 한 후에는 위 성과상여금 등을 잉여금의 처분 등으로 보아 손금불산입하고 법인세 부과처분을 했다. 

이에 대해 원심인 서울고등법원은 2006, 2007년 B에게 지급된 성과상여금은 각 연도별로 행해진 주주총회 및 이사회 결의에 기한 것이므로, 하나의 원인행위에서 비롯했다고 볼 수 없다는 이유로, 2차 조사가 중복조사의 예외적 허용사유에 해당하지 않고 A사에 대한 과세처분은 위법하다고 판단했다.

그러나 대법원은 2차 조사가 중복조사의 예외적 허용사유에 해당한다며 원심을 파기했다.

대법원은 "하나의 행위가 완결적이지 않더라도 그로 인해 과세표준 등의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 그 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는 하나의 행위가 원인이 된 것에 해당한다고 볼 수 있다"고 판시했다.

대법원은 A사가 2006, 2007 사업연도에 B에게 성과상여금을 지급한 것은 2005년의 이사회 결의에 기초한 것이고, 2006, 2007 사업연도의 주주총회 및 이사회 결의는 2005년의 이사회결의에서 예정한 바대로 후속절차로 이루어진 것으로 판단했다.

한편, 대법원은 "다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에 단순히 되풀이되는 때에는 재조사의 예외적 허용사유에 해당하지 않는다"고 판시했다.

2개 이상의 사업연도에 걸쳐 세무처리가 잘못된 경우에는 여러 가지 원인이 있다.

만일 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 잘못이 있는 경우에 무제한으로 중복조사가 가능하다고 하면 납세의무자가 단순한 실수를 반복한 경우까지 중복조사를 받아야 하는 것이 되어 가혹하다.

반면, 2개 이상의 사업연도에 걸친 잘못이 하나의 원인으로 발생한 때에는 과세당국이 이를 다시 조사하여 경정처분을 하게 할 필요가 있다.

이번 대법원 판결은 이런 문제에 대해 중복조사의 기준을 제시하는 의미 있는 판례로 보인다. [대법원 2017. 4. 27. 2014두6562]