대법원은 최근 “간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 주주명부상의 주주명의가 아니라 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지를 기준으로 판단하여야 하며, 과점주주의 주식비율이 증가되었는지 여부 역시 주주권을 실질적으로 행사하는 주식을 기준으로 판단하여야 한다”고 판결하였다.

세법은 법인의 주식을 50% 초과하여 과점주주가 된 경우 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 간주하도록 규정하고, 이미 과점주주가 된 주주가 법인의 주식을 추가로 취득하는 경우에는 그 증가분만큼 취득한 것으로 보도록 하고 있다. 이것이 '과점주주 간주취득세'이다. 과점주주가 되면 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 있어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없다고 보아 취득세를 납부하도록 하는 것이다.

이 사건에서 당초 과점주주이던 원고가 다른 사람에게 명의신탁해 두었던 주식을 자신의 명의로 명의개서를 하였다. 과세당국은 명의개서로 주식지분율이 증가된 부분에 대해 과점주주 간주취득세를 과세하였다.

원심은 주주명부상의 주주만이 회사에 대한 관계에서 주주권을 행사할 수 있다는 대법원이 선고한 민사판결의 법리를 들어 '원고가 다른 사람에게 주식을 명의신탁해 둔 상태였다고 하더라도 당시 의결권 등을 통하여 주식에 관한 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는 지위에 있었다고 볼 수 없다'고 판단하였다. 따라서 명의개서를 함으로써 주식을 취득하였다고 본 간주취득세 과세처분을 적법하다고 보았다.

그러나 대법원에서는 이러한 원심의 판단을 뒤집었다. 다른 사람은 주식의 인수 과정에서 명의를 대여해 준 자에 불과하고, 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 지위에 있었던 것은 원고라고 본 것이다. 따라서 주식에 관하여 원고 명의로 명의개서를 마친 시기를 전후로 원고의 주식 소유비율은 동일하여, 위 명의개서가 세법에서 말하는 과점주주의 주식 비율이 증가된 경우에 해당한다고 할 수 없다고  판시하였다.

대법원은 종래부터 과점주주 간주취득세의 실질적 지배 요건과 관련하여 주주명부상의 주주 명의가 아니라 그 주식에 관하여 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 하여야 한다는 입장이었다. 또한 의결권행사 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있었는지 여부를 개별 사안마다 구체적으로 판단하였다.

이 판결은 주주명부상의 주주만이 회사에 대한 관계에서 주주권을 행사할 수 있다는 법리를 설시한 대법원 민사판결이 과점주주 간주취득세와 관련하여 직접적인 관련이 없다고 보았다. 민사판결은 회사가 주주명부에 기재된 주주에게 상법상 제반의무를 이행하였다면 회사에게 상법상 의무위반의 책임이 없다는 점을 확인한 판결이다.

회사의 책임 유무에 대한 이 판결로 인하여 주주권을 실질적으로 행사하는 자가 변경되는 것은 아니라고 본 것이다. 결과적으로 과점주주 간주취득세의 납세의무자는 주주명부상 주주 명의에 불구하고 주주권을 실질적으로 행사하는 자라는 점을 다시 한번 명확하게 밝혔다.

대법원은 이와 더불어 최근에 채권금융기관의 요구에 따라 억지로 주식을 취득한 후 주식에 관한 모든 권리를 채권금융기관에 일임한 경우 과점주주 간주취득세가 부과될 수 없다고 판결하는 등 과점주주 간주취득세에 관한 주주권의 실질적 행사 요건을 엄격하게 판단하고 있다. 이러한 점에서 대상 판결 역시 과점주주 간주취득세의 적용범위를 제한하여 납세의무자 범위를 확대하는 것을 경계하였다는 점에서 의미가 있다. 대법원2018.11.9 선고 2018두49376 판결