서울에 아파트 한 채를 소유하고 있는 A씨는 얼마 전, 노후에 거주할 목적으로 지방에 있는 조그만 밭과 그에 딸린 농가주택 하나를 구입했다. 농가주택은 취득 당시 몇 년간 돌봐지지 않은 완전한 폐가였고, A씨도 사실상 이를 집이라고 생각하지 않았다.

하지만 A씨는 얼마 후, 이 농가주택 때문에 큰 낭패를 보고 말았다.

기존에 거주하던 아파트를 팔고 다른 곳으로 이사하려던 A씨에게 1세대2주택자라는 이유로 수천만 원의 양도소득세가 부과된 것이다.
 
사람이 살 수도 없는 농가주택인데 건축물관리대장과 등기부등본에 주택으로 등재돼 있다는 사실만으로 거액의 세금을 내야하는 A씨는 억울함에 잠을 이룰 수 없었다.

이런 경우 세금을 피해가는 방법은 없는 것일까?

국세청은 "농가주택을 새로 개축할 예정이거나 주택신축 허가를 받기 어려워, 세금부담을 감수하고서라도 보유할 예정이 아니라면, 폐가상태에 있는 농가주택은 멸실시킨 다음 건축물관리대장 등 공부(公簿)를 정리해 두는 것이 좋다"고 설명했다.

공부를 정리해두면 거주하고 있는 주택을 양도하더라도 아무런 문제없이 1세대1주택 비과세 적용을 받을 수 있다는 것. 반대로 미리 정리하고 준비하지 않은 A씨와 같은 경우, 과세당국의 세금폭탄을 피하기 어렵게 된다.
 
현행 소득세법에 따르면 A씨와 같이 공부상 2개의 주택을 소유하고 있는 자가 그 중 하나의 주택을 양도하게 되면 일단 양도소득세 과세대상으로 분류된다.
 
물론 양도소득세는 실질에 따라 과세하므로 그 중 1주택이 폐가 상태에 있는 등 주택으로서의 기능을 하지 못한다면 나머지 1주택을 양도하는 경우 비과세 적용을 받을 수 있다.

하지만 이를 인정받기가 그리 쉽지 않다는 것이 문제다.

아파트 양도당시에 농가주택이 폐가 상태였다는 것을 누가 보더라도 인정할 수 있는 객관적인 자료를 가지고 입증해야하기 때문이다.

국세청은 "미리 자료를 준비해 놓지 않고 있다가 고지서를 받고 난 다음 소급해서 자료를 준비하려 한다면, 자료를 준비하는 것도 어렵지만 이를 인정받는 것도 매우 어렵다"며 꼼꼼한 사전 준비를 당부했다.